基于16S rRNA序列探讨我国海鳝科鱼类分子系统进化关系

为从分子水平分析海鳝科鱼类分子系统分类关系，澄清物种分类争议，实验通过PCR扩增获得我国海鳝科9个属26种鱼类16S r RNA序列片段，结合GenBank下载的其他海鳝科鱼类的序列进行分析。结果显示，进化树上，海鳝科主要形成裸海鳝亚科与海鳝亚科两个分支，裸海鳝亚科包括尾鳝属与鞭尾鳝属，海鳝亚科包括裸胸鳝属、裸海鳝属、勾吻鳝属、蛇鳝属等8个属，与形态分类结果一致。裸海鳝亚科分支中，尾鳝属与鞭尾鳝属形成平行的姐妹分支；海鳝亚科分支中，斑马裸海鳝单独形成一支，位于该分支基部，其他种类聚为另一支。分支I中裸胸鳝属、勾吻鳝属、蛇鳝属、海鳝属等属均无法形成单系，揭示这些种属可能是多系起源，与近期的分子水平研究观点相似。研究结果支持将斑马裸海鳝归为裸海鳝属，为单型属物种；虎斑鞭尾鳝归为鞭尾鳝属，与尾鳝属平行进化；拟蛇鳝从长海鳝属分离出来，归为拟蛇鳝属等分类观点。豹纹勾吻鳝与海鳝属关系十分接近，但其形态上还具有多个勾吻鳝属的基本特征，至于是否归为海鳝属，还需后续更多的分子与形态学研究加以验证。     

珊瑚菌的研究现状及在宜昌地区的发展前景

珊瑚菌是由一些担子菌门真菌物种组成的,兼具食药用功能,从珊瑚菌中提取的活性物质具有抗菌、抗氧化、抗癌等多种作用,开发研究价值重大。本文对珊瑚菌的作用、生境、宏观微观特征及系统发育研究现状进行了概述,并对珊瑚菌在宜昌地区的发展前景进行了浅析,为珊瑚菌的驯化、研究和利用提供了一定的理论基础。     

中国13种海参系统发育和骨片演化分析

运用扫描电子显微镜观察了中国沿海13种代表性海参的骨片,并获得了8种海参的线粒体16SrDNA基因序列,通过整合网上序列联合分析以期了解13种海参的系统发育关系和骨片演化规律。结果表明, 13种海参的骨片包括桌形体、假桌形体、扣状体、杆状体、穿孔板、花纹样体、颗粒体7种类型; 8种海参的16S rDNA片段长度在465 bp左右,富含AT碱基, A+T的含量平均为55.8%,符合无脊椎动物线粒体DNA序列的特征。从GenBank中获取11种海参16S rDNA基因序列,以杂色角孔海胆(Salmacis sphaeroides)为外群,联合本研究中所测序列构建了NJ和ME系统树。结果表明,NJ、ME系统发育树基本一致,海参科(Holothuriidae)内,柄体参属(Labidodemas)与海参属(Holothuria)亲缘关系极近且骨片形态均相似,可划分为同一个属;与传统形态学分类不同,刺参科(Stichopodidae)同尻参科(Caudinidae)、沙鸡子科(Phyllophoridae)、硬瓜参科(Sclerodactylidae)、瓜参科(Cucumariidae)聚成一簇,而与海参科亲缘关系较远,符合最新分类系统。本研究根据NJ和ME系统发育树结果,结合海参骨片的形态学资料,对海参科内骨片的演化进行了分析,认为虽然桌形体的进化史尚不清晰,但在海参科内,海参骨片由复杂的桌形体、扣状体向简单的花纹样体和颗粒体演化。     

基于线粒体全基因组结构的鲳属鱼类分子分类研究

为明确鲳属鱼类的线粒体全基因组序列结构、寻找有效的种间鉴别分子标记,并剖析其系统发育信息,从而为鲳属鱼类的分类学、进化遗传学和种质鉴定提供参考依据,测定了鲳属5种鱼类(中国鲳Pampus chinensis、灰鲳P.cinereus、银鲳P.argenteus、珍鲳P.minor、翎鲳P.punctatissimus)的线粒体全基因组序列,并结合NCBI数据库中已有的鲳属鱼类线粒体全基因组序列进行分析。结果显示:1)鲳属线粒体基因组全序列长度在16551 bp到18062 bp之间,其基因组结构与大多数硬骨鱼类一致;比较特别的是,银鲳和镰鲳具有两个tRNA;结构,珍鲳出现ND1基因重排以及两个重复的D-loop结构。2)银鲳与镰鲳的D-loop区出现重复CSB3结构,灰鲳与翎鲳D-loop区出现重复TAS结构。3)ND2基因条形码及其微型条形码均可将鲳属鱼类区分开,可作为有效的鲳属鉴别分子标记。4)东海区的银鲳与镰鲳应为同一物种,灰鲳可能为翎鲳的同物异名。     

厌氧真菌系统发育分类及多样性研究进展

厌氧真菌[新毛孢菌门(Neocallimastigomycota)]是哺乳草食动物消化道内常见的微生物之一,在木质纤维性饲料原料的降解过程中起着至关重要的作用。了解厌氧真菌个体间的系统发育关系对于进一步了解它们的进化史,以及驱动它们在不同类型宿主内部及之间的生态位专门化的因素等方面至关重要。本文从系统发育分类学发展史、低等级的分类学多样性及相关分子层面的研究方法对近年来有关厌氧真菌系统发育分类及多样性的研究进行了概述,以期对相关的研究工作提供一定的参考和帮助。     

扁核木属植物叶绿体基因组特征分析

扁核木属（Prinsepia）植物在中国分布有4个种,均具有极高的食用和药用价值。为解析扁核木属植物的叶绿体基因组特征,基于现已发表的扁核木属植物叶绿体基因组,利用相关生物信息学手段进行其叶绿体基因结构、SSR、密码子偏好性和序列变异情况分析,并构建系统发育树。结果表明,2种扁核木属植物叶绿体基因组大小介于159 179~ 168 206 bp之间,平均GC含量为37.3%,从编码基因数目来看,仅相差2个tRNA,而蛋白编码基因和rRNA数目均一致,种间具有较高的保守性;在扁核木和蕤核叶绿体全基因组序列中各检测出分散重复49个,其中以正向重复和回文重复为主,占比达73%~82%,而串联重复数目分别为49个和58个,经简单重复序列SSR分析,分别在2种植物叶绿体基因组序列中分别筛选出100个和84个SSR位点,且多是以A/T碱基为主的单核苷酸重复类型;扁核木属植物叶绿体基因组密码子偏好性分析发现GC3的碱基含量显著低于GC1和GC2,说明密码子偏好以A、U结尾,ENC取值均大于48%,表明其密码子偏性较弱,中性绘图和PR2-plot分析发现自然选择是影响扁核木属植物密码子使用偏好性的主要原因,通过建立高、低基因表达库,以RSCU值为参考,确定了6个扁核木属最优密码子。经叶绿体基因组序列变异分析,根据核苷酸多态性指数Pi>0.015筛选出trnH-GUG-psbA,psbZ-trnG-UCC-trnfM-CAU-rps14和psaJ-rpl33-rps18等3个高变区,以蕤核叶绿体基因组为参考,在扁核木叶绿体基因组编码区发现存在大量的插入、缺失和SNP突变位点,并在蕤核叶绿体基因组中发现了多个该物种的特有基因。基于叶绿体基因组的trnS-trnG间隔区构建的系统发育树显示,4种扁核木属植物可分为南系（扁核木、台湾扁核木）和北系（蕤核、东北扁核木）两类。研究结果可为扁核木属植物的系统发育、分类鉴定及其资源的开发利用等相关研究提供理论基础。     

生菜bHLH转录因子家族的鉴定与生物信息学分析

本研究旨在对生菜(Lactuca sativa L.)bHLH转录因子进行全基因组鉴定与系统分析，以期为生菜bHLH家族基因的生物学功能的研究提供理论基础。通过Pfam下载bHLH结构域的隐马氏模型，利用HMMER3.0和SMART鉴定生菜bHLH基因。使用ExPASy ProtParam tool、DNAMAN 5.0、ClustalX和MEGA 7.0等软件对bHLH的蛋白序列进行生物信息学分析。在生菜全基因组中共鉴定出135个bHLH转录因子，其编码蛋白的相对分子量为17843.82~75409.15 Da，理论等电点为0.63~9.51，其中有92个酸性蛋白，43个碱性蛋白。123个bHLH蛋白为不稳定蛋白，135个bHLH蛋白均为亲水性蛋白。各家族成员均含有N端碱性结构域和C端HLH结构域，其中N端可结合特定的DNA顺式元件，C端可维持bHLH蛋白二级结构的稳定。系统进化分析将生菜中135个bHLH蛋白分为10个亚家族。通过全基因组分析，共鉴定出135个生菜bHLH转录因子，为生菜bHLH家族基因的功能研究提供借鉴。     

Diagnosis and characterization of the ribosomal DNA-ITS of potato rot nematode (Ditylenchus destructor) populations from Chinese medicinal herbs

The potato rot nematode (Ditylenchus destructor) is a very economically important nematode in agronomic and horticultural plants worldwide. In this study, 43 populations of D. destructor were collected from different hosts across China, including 37 populations from Chinese herbal medicine plants. Obtained sequences of ITS-rDNA and D2–D3 of 28S-rDNA genes of D. destructor were compared and analyzed. Nine types of significant length variations in ITS sequences were observed among all populations. The differences in ITS1 length were mainly caused by the presence of repetitive elements with substantial base substitutions. Reconstructions of ITS1 secondary structures showed that the minisatellites formed a stem structure. Ten haplotypes were observed in all populations based on mutations and variations of helix H9. Among them, 3 known haplotypes (A–C) were found in 7 populations isolated from potato, sweet potato, and Codonopsis pilosula, and 7 unique haplotypes were found in other 36 populations collected from C. pilosula and Angelica sinensis compared with 7 haplotypes (A–G) according to Subbotin’ system. These unique haplotypes were different from haplotypes A–G, and we named them as haplotypes H–N. The present results showed that a total of 14 haplotypes (A–N) of ITS-rDNA have been found in D. destructor. Phylogenetic analyses of ITS-rDNA and D2–D3 showed that all populations of D. destructor were clustered into two major clades: one clade only containing haplotype A from sweet potato and the other containing haplotypes B–N from other plants. For further verification, PCR-ITS-RFLP profiles were conducted on 7 new haplotypes. Collectively, our study suggests that D. destructor populations on Chinese medicinal materials are very different from those on other hosts and this work provides a paradigm for relevant researches.     

First report of Botrytis leaf blight caused by Botrytis cinerea on Aucuba japonica in China

In May 2019, Aucuba japonica var. variegata, known as an evergreen shrub, was found to have multiple leaf spots in Nanjing City, Jiangsu Province, China. A fungus was isolated from the margins of the lesions and one isolate JS-RL3 was selected for identification and pathogenicity tests. The morphological characteristics of the fungus were similar to Botrytis cinerea. Phylogenetic analysis using concatenated sequences of ITS and G3PDH also showed that isolate JS-RL3 clustered with strains of B. cinerea, a relationship supported by a 100% bootstrap value. This report is the first of B. cinerea causing leaf spots on A. japonica var. variegata.     

中国南部鱲属鱼类一新种(鲤形目,鲤科)

本研究描述采自浙江省苕溪水系鱲属Zacco鱼类一新种——苕溪鱲 Zacco tiaoxiensis sp. nov.。经形态比较，该新种与广泛分布于浙江各水系的棘颊鱲Z. acanthogenys形态较相似，但与之有着较明显的形态差异：侧线鳞41～44（vs. 44～47）；侧线上鳞8（vs. 8～10）；侧线下鳞3～4（vs. 4～5）；围尾柄鳞12~15（vs. 14~17）；性成熟的雄性个体腹鳍到达（vs. 超过）肛门等。新种与异域分布的中华鱲和宽鳍鱲的形态区别主要在侧线下鳞数目、头长与体长的比例等可比性状以及生活时眼睛上缘颜色等。基于线粒体细胞色素b基因的遗传分析也支持苕溪鱲为一独立物种。